“Tenía 13 años y sufría porque no sabía que hacer en la vida. Nada me había revelado aún la profundidad de mi sensibilidad ... Decidí someterme a una experiencia extraña: sufrir la sensación absorbente de la muerte. Pensé que una emoción fuerte, que se acercaba violentamente al peligro, que descifrara mi personalidad. Y mira lo que hice. Nuestra casa estaba cerca de la estación Barra Funda. Un día salí de casa, até mis trenzas de niña con fuerza, me tumbé debajo de los travesaños de la vía y esperé a que el tren pasara sobre mí. Fue una cosa horrible e indescriptible. El ruido ensordecedor, el aire cambiante, la temperatura asfixiante me dieron una impresión de delirio y locura. Y vi colores, colores y colores que rayan el espacio, colores que me gustaría arreglar para siempre en la retina embrujada. Fue la revelación: decidí dedicarme a la pintura ".
Hija de padre italiano y madre americana, desde la niñez, alentada por su madre, profesora de arte, mostró gran interés por la pintura. Debido a una atrofia en su brazo derecho, se vio obligada a pintar con el izquierdo.
Financiada por sus padres viajó a Berlín y allí estudió con importantes artistas del expresionismo alemán.
Despues de regresar a Brasil, viajó a Nueva York para estudiar con Homer Boss, cuya obra había conocido en una exposición en Colonia.
Las enseñanzas de Boss tuvieron un gran impacto en la obra posterior de Malfatti, sobre todo en lo relativo al estudio de la anatomía.
Durante su estancia en Nueva York pintó los cuadros considerados como los más interesantes de su producción. En su segunda exposición, en Sao Paulo, en 1917, aunque cuidó mucho la selección de sus obras, fue duramente criticada por sus innovaciones, consideradas contrarias a la tradición brasileña.
En 1922, Malfatti tomó parte en la Semana de Arte Moderno de Sao Paulo junto a Tarsila do Amaral,Mario de Andrade, Oswald de Andrade y Menotti del Picchia.
En 1923 recibió una beca del Estado de Sao Paulo y viajó a París y a partir de entonces abandonó el expresionismo y comenzó una carrera artística más convencional.
En 1928 regresó a São Paulo, y participó en las actividades del grupo modernista. En la década siguiente, debido a sus dificultades económicas, se centró cada vez más en la enseñanza de la pintura y el dibujo, y como creadora se especializó sobre todo en el retrato.