José Malhoa nació en Travessa de S. Sebastião en la ciudad de Caldas da Rainha, en1855. Con apenas 8 años se fue a Lisboa donde su hermano Joaquim Malhoa tenía un comercio- En 1867 entra en la Facultad de Bellas Artes de Lisboa.
En 1875 entra como empleado en el comercio de su hermano donde permanece hasta 1881 cuando su obra llama la atención de la crítica, lo que hizo que volviera a la pintura.
Despues de casarse en 1880 comienza a tener una presencia más activa en la vida artística de Lisboa. Participa en la Exposición de la Sociedad Promotora de las Bellas Artes en Portugal, donde los jovenes artistas portugueses presentan una nueva visión artística en Portugal- el naturalismo.
En este grupo llamado de disidentes estaba incluido Silva Porto,recién regresado de París que trajo consigo la novedad de la pintura al aire libre.
José Malhoa formó parte del grupo de Leão, nombre que se tomó del local donde se reunían- Cervejaria Leão de Ouro.
A partir de 1881 su aceptación social se hace evidente, recibe encargos de instituciones públicas como la decoración de la sala del Real Consevatorio y para el tribunal supremo de justicia de Lisboa
En 1897 envía por primera vez obra al Salón de Artistas Franceses, y lo hace hasta 1907. En 1933 el Consejo Superior de Bellas Artes autoriza un museo en su homenaje. Poco despues muere en Figueiró dos Vinhos